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Run: ERR4819876
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Run ID: ERR4819876

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:21:15

Number of reads: 965464

Percentage reads mapped: 79.16

Strain: lineage4.3.4.2.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 1.0
lineage4.3.4.2.1 Euro-American (LAM) LAM11 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2156024 c.87delC frameshift_variant 0.18 isoniazid, isoniazid
ethA 4326923 c.549_550delTG frameshift_variant 0.18 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9074 c.1773G>A synonymous_variant 0.12
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576718 c.1371C>T synonymous_variant 0.17
ccsA 620433 c.543C>A synonymous_variant 0.12
ccsA 620747 p.Gly286Asp missense_variant 0.1
ccsA 620785 p.Gly299Ser missense_variant 0.11
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763049 c.-321G>A upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.17
rpoB 763074 p.Thr1090Val missense_variant 0.11
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763253 c.-117G>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.13
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.13
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764530 c.1161C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764549 p.Pro394Val missense_variant 0.14
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764572 c.1203G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.13
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764620 c.1251G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764651 c.1282_1284delTCGinsAGC synonymous_variant 0.23
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 764683 c.1314G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764827 c.1458G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764947 c.1578G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 766189 c.2822delG frameshift_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775885 p.Ile866Phe missense_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781754 c.195G>C synonymous_variant 0.11
rpsL 781760 c.201T>C synonymous_variant 0.16
rpsL 781781 c.222G>C synonymous_variant 0.12
rpsL 781793 c.234G>C synonymous_variant 0.13
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.13
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.17
rpsL 781814 c.255C>T synonymous_variant 0.11
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 0.11
embR 1417545 c.-198A>G upstream_gene_variant 0.14
atpE 1460899 c.-146T>A upstream_gene_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472971 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.13
rrl 1473390 n.-268A>C upstream_gene_variant 0.11
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474286 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474287 n.630T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474291 n.635_649delTTCCTCTCCGGAGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474311 n.656_657dupTG non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475542 n.1885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475565 n.1908G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475772 n.2115A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475990 n.2333G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476188 n.2531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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