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Run: ERR736816
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Run ID: ERR736816

Sample name:

Date: 02-04-2023 04:18:56

Number of reads: 26209

Percentage reads mapped: 0.39

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472122 n.277G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoB 762209 c.2403C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762218 c.2412T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762236 c.2430G>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762245 c.2439G>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762257 c.2451C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763528 c.159G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763594 c.225C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763606 c.237C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472954 n.1110delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472958 n.1113_1114insC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472986 n.1141_1142insA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472989 n.1145delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1473836 n.179A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473839 n.182G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473862 n.205C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473887 n.230T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473899 n.242A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473916 n.259C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474928 n.1271C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475144 n.1487G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475154 n.1497C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475688 n.2031G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475692 n.2035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475695 n.2038G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475704 n.2047C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475776 n.2119G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475880 n.2223C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475881 n.2224T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475882 n.2225C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475895 n.2238C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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