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Run: SRR1173705
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Run ID: SRR1173705

Sample name:

Date: 03-04-2023 03:30:11

Number of reads: 50419

Percentage reads mapped: 1.41

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472135 n.290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472252 n.407G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472349 n.504A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472374 n.529T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472553 n.708C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472572 n.727T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472574 n.729T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472583 n.738T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472584 n.739A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472594 n.749G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472714 n.869A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472716 n.871C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473139 n.1294T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474903 n.1246T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474928 n.1271C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475540 n.1883C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475551 n.1894T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475555 n.1898T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475564 n.1907C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475574 n.1917C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475575 n.1918C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475576 n.1919C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475596 n.1939G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475871 n.2214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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