TB-Profiler result

Run: SRR6045726
Summary

Run ID: SRR6045726

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:04:07

Number of reads: 1149597

Percentage reads mapped: 45.07

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.97
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491440 p.Arg220* stop_gained 0.17
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.33
rpoB 759615 c.-192A>C upstream_gene_variant 0.3
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.21
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.95
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474715 n.1060_1061delAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475145 n.1488C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475149 n.1492G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475707 n.2050T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475790 n.2133C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102703 p.Ser114Gly missense_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170066 p.Ala183Thr missense_variant 0.14
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3066099 p.Met31Ile missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3641858 c.324G>A synonymous_variant 1.0
fbiB 3642877 p.Lys448Arg missense_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0