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Run: SRR6397770

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Run ID: SRR6397770

Sample name:

Date: 04-04-2023 14:13:06

Number of reads: 581663

Percentage reads mapped: 6.76

Strain: lineage4.7

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.7 Euro-American (mainly T) T1;T5 None 0.94
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 8353 p.Gly351Ala missense_variant 1.0
gyrA 9355 p.Ala685Glu missense_variant 0.13
fgd1 491633 p.Trp284Leu missense_variant 0.14
mshA 576529 p.Glu394Asp missense_variant 0.2
rpoC 765179 p.Gly604Trp missense_variant 0.18
rpoC 765900 p.Leu844Pro missense_variant 0.14
rpoC 765947 c.2578T>C synonymous_variant 0.2
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775700 c.2781G>T synonymous_variant 0.92
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800953 p.Ala49Ser missense_variant 0.2
fbiC 1303116 c.186C>T synonymous_variant 1.0
fbiC 1303652 p.Arg241Leu missense_variant 0.14
fbiC 1305338 p.Gly803Val missense_variant 0.14
fbiC 1305484 p.Ala852Ser missense_variant 0.22
Rv1258c 1406751 p.Gly197Val missense_variant 0.2
Rv1258c 1407269 c.72C>A synonymous_variant 0.15
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472101 n.256G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472262 n.417C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472269 n.424G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472277 n.432C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473110 n.1265T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473115 n.1270G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474236 n.579G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474797 n.1140G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474799 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474824 n.1167A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474903 n.1246T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474928 n.1271C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
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rrl 1476275 n.2618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476595 n.2938C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
fabG1 1674079 p.Pro214Thr missense_variant 0.25
inhA 1674412 p.Leu71Met missense_variant 0.22
rpsA 1833592 c.51C>A synonymous_variant 0.17
tlyA 1917906 c.-34G>T upstream_gene_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103033 p.Gln4Lys missense_variant 0.14
Rv1979c 2222344 p.Ala274Glu missense_variant 0.15
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289237 p.Arg2Gln missense_variant 0.13
ahpC 2726465 p.Phe91Leu missense_variant 0.14
ribD 2987228 p.Met130Ile missense_variant 0.22
ribD 2987379 p.Gln181* stop_gained 0.25
Rv2752c 3065207 p.Thr329Ser missense_variant 0.12
Rv2752c 3065646 c.546C>A synonymous_variant 0.15
thyA 3074224 p.Trp83Leu missense_variant 0.14
fbiD 3339223 p.Glu36Gln missense_variant 0.15
fbiD 3339579 p.Phe154Leu missense_variant 0.18
Rv3236c 3611980 c.1137C>A synonymous_variant 0.33
Rv3236c 3613166 c.-50C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoA 3877620 p.Glu296Asp missense_variant 0.17
rpoA 3877920 c.588G>T synonymous_variant 0.13
clpC1 4038817 p.Ala630Ser missense_variant 0.17
clpC1 4040113 p.Glu198* stop_gained 0.2
embC 4241558 p.Arg566Ser missense_variant 0.14
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244732 c.1500G>C synonymous_variant 1.0
embB 4248403 c.1890G>A synonymous_variant 0.25
embB 4249732 c.3219C>G synonymous_variant 0.91
aftB 4268964 c.-128G>C upstream_gene_variant 0.12
ubiA 4269791 p.Ala15Thr missense_variant 0.29
ethA 4327388 p.Thr29Asn missense_variant 0.14
ethR 4327828 p.Pro94Ser missense_variant 1.0
ethR 4328090 p.Arg181Leu missense_variant 0.13
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407590 p.Ala205Thr missense_variant 1.0