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Run: SRR6982508

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Run ID: SRR6982508

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:39:30

Number of reads: 40371

Percentage reads mapped: 8.12

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.98
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.95
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 0.1
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 766500 p.Ala1044Val missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
mmpS5 779646 c.-741A>G upstream_gene_variant 1.0
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rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476664 n.3007T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476665 n.3008T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv2752c 3065711 p.Gly161Ser missense_variant 1.0
ald 3087489 p.Glu224Lys missense_variant 0.29
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4408365 c.-163C>T upstream_gene_variant 1.0