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Run: ERR1665404
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Run ID: ERR1665404

Sample name:

Date: 31-03-2023 14:54:48

Number of reads: 3282869

Percentage reads mapped: 95.77

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpoB 762089 p.Glu761Asp missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472362 n.517C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289207 p.Asp12Gly missense_variant 0.99 pyrazinamide
eis 2715369 c.-37G>T upstream_gene_variant 1.0 kanamycin
embB 4247574 p.Asp354Ala missense_variant 1.0 ethambutol
embB 4249583 p.Asp1024Asn missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4327480 c.-7T>C upstream_gene_variant 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.99
rpoC 766645 p.Glu1092Asp missense_variant 0.98
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338563 c.-42G>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 0.99