TB-Profiler result

Run: ERR2229033
Summary

Run ID: ERR2229033

Sample name:

Date: 31-03-2023 16:31:11

Number of reads: 227237

Percentage reads mapped: 13.33

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92 streptomycin
gid 4407802 p.Ala134Glu missense_variant 0.2 streptomycin
gid 4408121 p.Gly28* stop_gained 0.4 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6588 p.Pro450Leu missense_variant 0.2
gyrA 6727 c.-575G>C upstream_gene_variant 0.33
gyrB 6732 p.Lys498Met missense_variant 0.22
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7670 c.369A>G synonymous_variant 0.15
gyrA 8527 p.Arg409Gln missense_variant 0.13
gyrA 8849 c.1548C>A synonymous_variant 0.18
rpoB 759723 c.-84C>A upstream_gene_variant 0.2
rpoB 760155 p.Lys117Glu missense_variant 0.25
rpoB 761013 p.Val403Leu missense_variant 0.25
rpoB 761021 c.1215G>T synonymous_variant 0.25
rpoB 761320 p.Phe505Tyr missense_variant 0.22
rpoB 761614 p.Ala603Glu missense_variant 0.18
rpoC 764246 p.Leu293Ile missense_variant 0.15
rpoC 765497 p.Ala710Ser missense_variant 0.22
rpoC 766033 p.Glu888Asp missense_variant 0.22
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777068 c.1413C>T synonymous_variant 0.33
mmpS5 779509 c.-604G>T upstream_gene_variant 0.22
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781722 p.Val55Leu missense_variant 0.14
fbiC 1303463 p.Ala178Val missense_variant 0.29
fbiC 1303747 p.Thr273Ala missense_variant 1.0
Rv1258c 1406533 p.Gly270Cys missense_variant 0.17
Rv1258c 1406620 p.Pro241Ser missense_variant 0.18
embR 1416637 p.Asp237Glu missense_variant 0.25
embR 1417292 p.Leu19Ser missense_variant 0.22
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471850 n.5G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1471852 n.7T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472101 n.256G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472262 n.417C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472269 n.424G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472339 n.494C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472402 n.557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472428 n.583G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473054 n.1209C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473083 n.1238G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473281 n.1436C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473288 n.1443C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473297 n.1452G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474791 n.1134C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474903 n.1246T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476128 n.2471T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476268 n.2611A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476275 n.2618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
inhA 1673892 c.-310C>A upstream_gene_variant 0.5
rpsA 1833611 p.Ala24Ser missense_variant 0.14
rpsA 1833683 p.Arg48Trp missense_variant 0.18
rpsA 1834117 c.576G>A synonymous_variant 0.33
rpsA 1834607 p.Arg356Ser missense_variant 0.4
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102679 p.Gly122Ser missense_variant 0.22
katG 2154798 p.Trp438Cys missense_variant 0.4
PPE35 2167965 p.Ala883Gly missense_variant 0.17
PPE35 2167967 c.2646A>C synonymous_variant 0.17
PPE35 2167988 c.2625C>T synonymous_variant 0.22
PPE35 2168286 p.Ile776Thr missense_variant 0.15
PPE35 2168728 p.Gly629Arg missense_variant 1.0
PPE35 2169594 p.Gly340Asp missense_variant 0.29
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064761 c.1431C>T synonymous_variant 0.33
thyA 3074648 c.-177T>G upstream_gene_variant 0.29
ald 3087068 c.249C>A synonymous_variant 0.33
ald 3087128 c.309C>T synonymous_variant 0.22
fprA 3474980 p.Arg325Leu missense_variant 0.22
Rv3236c 3612420 p.Ala233Ser missense_variant 0.25
fbiA 3640885 p.Arg115Cys missense_variant 0.14
rpoA 3878421 c.87A>G synonymous_variant 0.29
rpoA 3878487 c.21C>A synonymous_variant 0.2
clpC1 4040222 p.Glu161Asp missense_variant 0.67
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243542 p.Gly104Trp missense_variant 0.4
embA 4243909 p.Arg226Leu missense_variant 0.4
embA 4244842 p.Arg537Leu missense_variant 0.5
embA 4244859 p.Gly543Trp missense_variant 0.67
embA 4245133 p.Trp634Leu missense_variant 0.2
embA 4246344 p.Arg1038Ser missense_variant 0.2
embB 4247091 p.Thr193Asn missense_variant 0.22
embB 4248970 c.2459delA frameshift_variant 0.18
aftB 4269036 c.-200C>G upstream_gene_variant 0.18
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-6_*1408del transcript_ablation 1.0