TB-Profiler result

Run: ERR2515032
Summary

Run ID: ERR2515032

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:42:48

Number of reads: 688313

Percentage reads mapped: 74.5

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45 streptomycin
gid 4407760 p.Trp148* stop_gained 0.14 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5362 c.123T>G synonymous_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9596 c.2295G>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9777 p.Asn826Asp missense_variant 1.0
fgd1 490812 c.30A>G synonymous_variant 0.13
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.24
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762636 p.Lys944Glu missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.16
rpoC 763598 p.Arg77Lys missense_variant 0.18
rpoC 763606 c.237C>T synonymous_variant 0.18
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763618 c.249C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.17
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763648 c.279C>T synonymous_variant 0.21
rpoC 763654 c.285C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 763657 p.Glu96Asp missense_variant 0.24
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.18
rpoC 763663 c.294C>A synonymous_variant 0.12
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763672 c.303C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764181 p.Asp271Gly missense_variant 1.0
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764549 p.Pro394Val missense_variant 0.11
rpoC 764560 c.1191T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764572 c.1203G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.18
rpoC 764593 c.1224C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.29
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.38
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.36
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.4
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.47
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.38
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.31
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.38
rpoC 764664 p.Val432Gly missense_variant 0.15
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.29
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.31
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.28
rpoC 764701 c.1332C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764703 p.Lys445Ser missense_variant 0.11
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.41
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.31
rpoC 764716 c.1347G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764737 c.1368G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764740 p.Met457Ile missense_variant 0.18
rpoC 764746 c.1377G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764749 c.1380G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764758 c.1389C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764762 p.His465Tyr missense_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 778602 c.303delC frameshift_variant 0.33
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304159 p.Val410Gly missense_variant 0.29
fbiC 1305240 c.2310T>C synonymous_variant 1.0
embR 1416436 c.911_912insGTGGGT disruptive_inframe_insertion 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472875 n.1030T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472901 n.1056T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.29
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474201 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474201 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474727 n.1070G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474732 n.1075A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474794 n.1137C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474904 n.1247G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476112 n.2458delT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476295 n.2638C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476592 n.2935G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476605 n.2948C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476616 n.2959A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476628 n.2971T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476663 n.3006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
fabG1 1673993 p.Tyr185Cys missense_variant 0.11
rpsA 1834051 c.510G>A synonymous_variant 0.13
rpsA 1834054 c.513C>T synonymous_variant 0.13
rpsA 1834090 c.549G>T synonymous_variant 0.12
rpsA 1834093 c.552G>T synonymous_variant 0.11
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.1
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.1
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.13
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2101652 c.1391A>C stop_lost&splice_region_variant 0.17
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167745 p.Thr956Arg missense_variant 0.17
PPE35 2167751 c.2862C>G synonymous_variant 0.17
PPE35 2167814 c.2799C>T synonymous_variant 0.25
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168161 p.Glu818Lys missense_variant 0.12
PPE35 2169269 c.1344A>G synonymous_variant 0.16
PPE35 2169272 c.1341C>G synonymous_variant 0.19
PPE35 2169278 c.1335T>C synonymous_variant 0.19
PPE35 2169281 c.1332T>G synonymous_variant 0.21
PPE35 2169287 c.1326T>C synonymous_variant 0.2
PPE35 2169293 c.1320T>C synonymous_variant 0.18
PPE35 2169890 c.723C>T synonymous_variant 0.12
PPE35 2169893 c.720C>A synonymous_variant 0.13
PPE35 2169902 p.Leu237Phe missense_variant 0.12
PPE35 2170011 p.Arg201Pro missense_variant 0.22
PPE35 2170769 c.-157C>T upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
pncA 2290124 c.-883C>G upstream_gene_variant 0.2
kasA 2518151 p.Ser13Arg missense_variant 0.2
kasA 2519051 p.Thr313Pro missense_variant 0.13
kasA 2519057 p.Thr315Ser missense_variant 0.14
kasA 2519062 c.948T>G synonymous_variant 0.15
eis 2715432 c.-100C>T upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
folC 2746393 c.1206C>T synonymous_variant 0.13
folC 2747054 p.Asp182Val missense_variant 0.11
ribD 2987568 c.731delT frameshift_variant 0.11
Rv2752c 3065376 c.816C>T synonymous_variant 0.13
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3642047 c.513G>C synonymous_variant 0.18
clpC1 4038884 c.1820delG frameshift_variant 0.14
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243468 p.Ile79Thr missense_variant 0.2
embA 4245374 c.2142G>A synonymous_variant 0.15
embA 4245916 p.Gln895Arg missense_variant 0.12
embB 4246845 c.333delG frameshift_variant 0.15
embB 4249773 p.Gly1087Val missense_variant 0.25
aftB 4267954 p.Ala295Pro missense_variant 0.29
aftB 4268309 c.528C>T synonymous_variant 0.14
ethA 4327272 p.Pro68Ser missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0