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Run: ERR405216
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Run ID: ERR405216

Sample name:

Date: 01-04-2023 04:29:50

Number of reads: 2562507

Percentage reads mapped: 49.47

Strain: lineage3.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.99
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 0.97
lineage3.1.1 East-African-Indian CAS1-Kili RD750 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoB 762925 p.Thr1040Ile missense_variant 0.14
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoB 762939 p.Met1045Leu missense_variant 0.14
rpoB 762942 p.Ile1046Val missense_variant 0.14
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472716 n.871C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472812 n.967A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473097 n.1252G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475499 n.1842C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475540 n.1883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475553 n.1896G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475555 n.1898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475577 n.1920C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170461 p.Gly51Glu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 0.99
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ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
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fbiD 3339733 p.Ala206Pro missense_variant 0.14
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
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gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 0.97