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Run: ERR473278
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Run ID: ERR473278

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:35:54

Number of reads: 19559

Percentage reads mapped: 0.59

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472101 n.256G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473108 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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