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Run: ERR4816429
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Run ID: ERR4816429

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:25:47

Number of reads: 6379436

Percentage reads mapped: 87.36

Strain: lineage1.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.2 Indo-Oceanic EAI3;EAI5 RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrB 6124 c.885C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760490 c.684C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776395 p.Phe696Leu missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1416989 p.Thr120Ile missense_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
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rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
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rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
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PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 1.0
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ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
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thyX 3068021 c.-76C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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