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Run: ERR4819784
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Run ID: ERR4819784

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Date: 01-04-2023 16:18:16

Number of reads: 1249606

Percentage reads mapped: 62.69

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7204 c.-98C>T upstream_gene_variant 0.17
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8170 p.Gln290Arg missense_variant 0.12
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762878 p.Ile1024Met missense_variant 0.15
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.15
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.13
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.15
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 763049 c.-321G>A upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.15
rpoC 763082 c.-288C>T upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.13
rpoB 763119 p.Asn1105Asp missense_variant 0.13
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.11
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.11
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471885 n.40T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472427 n.582T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472476 n.631A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472813 n.968A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472875 n.1030T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473292 n.1449_1450delAG non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1473609 n.-49G>T upstream_gene_variant 0.2
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474545 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474581 n.924C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474628 n.971C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474794 n.1137C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475761 n.2104C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475763 n.2107_2108delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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