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Run: ERR9117714
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Run ID: ERR9117714

Sample name:

Date: 02-04-2023 09:29:16

Number of reads: 684559

Percentage reads mapped: 32.08

Strain: lineage3.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491371 p.Gly197Ser missense_variant 0.14
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762545 c.-825C>A upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304850 p.Asn640Lys missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
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rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
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rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rpsA 1833770 p.Asn77Asp missense_variant 0.11
rpsA 1833776 p.Val79Ile missense_variant 0.11
rpsA 1833781 c.240T>C synonymous_variant 0.11
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tlyA 1917851 c.-89C>T upstream_gene_variant 0.17
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