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Run: SRR1173139
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Run ID: SRR1173139

Sample name:

Date: 03-04-2023 03:17:22

Number of reads: 46690

Percentage reads mapped: 1.26

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoC 763528 c.159G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763594 c.225C>T synonymous_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472135 n.290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472252 n.407G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472349 n.504A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472374 n.529T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472553 n.708C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472572 n.727T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472574 n.729T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472583 n.738T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472584 n.739A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472594 n.749G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472714 n.869A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472716 n.871C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472954 n.1110delC non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472958 n.1113_1114insC non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472986 n.1141_1142insA non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472989 n.1145delA non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrs 1473139 n.1294T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473887 n.230T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473899 n.242A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473916 n.259C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473922 n.265A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1475540 n.1883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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