TB-Profiler result

Run: SRR14782537
Summary

Run ID: SRR14782537

Sample name:

Date: 03-04-2023 11:29:39

Number of reads: 1583006

Percentage reads mapped: 25.08

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7570 p.Ala90Val missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472362 n.517C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
eis 2715344 c.-12C>T upstream_gene_variant 1.0 kanamycin
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 1.0 ethambutol
pncA 2288663 c.-56_*17del transcript_ablation 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.3
mshA 576482 p.Val379Leu missense_variant 0.25
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764817 p.Val483Ala missense_variant 1.0
rpoC 766645 p.Glu1092Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472953 n.1109_1112delTCTC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472959 n.1114_1115insTTTA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472971 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472991 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473121 n.1276_1277insA non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476181 n.2524A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476214 n.2557G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.33
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embA 4244867 c.1635C>A synonymous_variant 1.0
embB 4248324 p.Ala604Gly missense_variant 0.2
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338563 c.-42G>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0