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Run: SRR6045312
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Run ID: SRR6045312

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:56:55

Number of reads: 2051791

Percentage reads mapped: 73.96

Strain: lineage1.1.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3 Indo-Oceanic EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3.3 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 0.98
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575778 p.Glu144Gly missense_variant 1.0
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.12
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.98
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
rpoC 765230 p.Ala621Thr missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776006 c.2475C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776826 p.Glu552Gly missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304161 p.Arg411Trp missense_variant 0.12
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 0.99
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472129 n.284G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472135 n.290C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472153 n.308G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472252 n.407G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472687 n.842A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472734 n.889C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472778 n.933C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472785 n.940G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472786 n.941C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472953 n.1111_1112delTC non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472959 n.1114_1115insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472967 n.1122G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472973 n.1129_1130delAT non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472990 n.1145A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473017 n.1172A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473038 n.1193A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473049 n.1204T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473112 n.1267A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473194 n.1349A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474674 n.1018delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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