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Run: SRR6982148
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Run ID: SRR6982148

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:28:51

Number of reads: 450800

Percentage reads mapped: 73.32

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7288 c.-14C>G upstream_gene_variant 0.18
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490739 c.-44G>T upstream_gene_variant 0.18
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.41
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764134 c.765C>A synonymous_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpL5 777762 c.718delC frameshift_variant 0.12
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800747 c.-62C>A upstream_gene_variant 0.13
Rv1258c 1406219 c.1122T>G synonymous_variant 0.12
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
Rv1258c 1407382 c.-42G>A upstream_gene_variant 0.18
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473111 n.1266A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475688 n.2031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
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rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
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rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1476621 n.2964C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476638 n.2981C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476710 n.3053C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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