TB-Profiler

Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance

Gene	Chromosome position	Mutation	Type	Estimated fraction	Drugs	Confidence
gyrA	7362	p.Glu21Gln	missense_variant	0.69	levofloxacin	Not assoc w R
gyrA	7362	p.Glu21Gln	missense_variant	0.69	moxifloxacin	Not assoc w R
rrs	1471659	n.-187C>T	upstream_gene_variant	1.0	streptomycin
					kanamycin
					capreomycin
					amikacin
rrs	1472489	n.644A>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.5	streptomycin	Uncertain significance
					kanamycin	Uncertain significance
					capreomycin	Uncertain significance
					amikacin	Uncertain significance
rrs	1473104	n.1259C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.64	streptomycin	Uncertain significance
					kanamycin	Uncertain significance
					capreomycin	Uncertain significance
					amikacin	Uncertain significance
rrs	1473110	n.1265T>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.6	streptomycin	Uncertain significance
					kanamycin	Uncertain significance
					capreomycin	Uncertain significance
					amikacin	Uncertain significance
rrs	1473111	n.1266A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.6	streptomycin	Uncertain significance
					kanamycin	Uncertain significance
					capreomycin	Uncertain significance
					amikacin	Uncertain significance
rrs	1473123	n.1278delAinsTC	non_coding_transcript_exon_variant	0.64	streptomycin
					kanamycin	Uncertain significance
					capreomycin	Uncertain significance
					amikacin	Uncertain significance
rrs	1473276	n.1431A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.47	streptomycin	Uncertain significance
					kanamycin	Uncertain significance
					capreomycin	Uncertain significance
					amikacin	Uncertain significance
rrs	1473301	n.1456T>C	non_coding_transcript_exon_variant	0.56	streptomycin	Uncertain significance
					kanamycin	Uncertain significance
					capreomycin	Uncertain significance
					amikacin	Uncertain significance
rrl	1473806	n.149C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.54	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1473806	n.149C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.54	linezolid	Uncertain significance
rrl	1473814	n.157A>C	non_coding_transcript_exon_variant	0.58	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1473814	n.157A>C	non_coding_transcript_exon_variant	0.58	linezolid	Uncertain significance
rrl	1473815	n.158T>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.64	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1473815	n.158T>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.64	linezolid
rrl	1473816	n.159C>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.64	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1473816	n.159C>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.64	linezolid
rrl	1473828	n.171G>C	non_coding_transcript_exon_variant	0.64	capreomycin
rrl	1473828	n.171G>C	non_coding_transcript_exon_variant	0.64	linezolid
rrl	1473829	n.172G>C	non_coding_transcript_exon_variant	0.64	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1473829	n.172G>C	non_coding_transcript_exon_variant	0.64	linezolid
rrl	1473830	n.173T>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.64	capreomycin
rrl	1473830	n.173T>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.64	linezolid
rrl	1473831	n.174G>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.64	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1473831	n.174G>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.64	linezolid
rrl	1474632	n.975G>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.45	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1474632	n.975G>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.45	linezolid	Uncertain significance
rrl	1474672	n.1015C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.47	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1474672	n.1015C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.47	linezolid	Uncertain significance
rrl	1474673	n.1016T>C	non_coding_transcript_exon_variant	0.47	capreomycin	Uncertain significance
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rrl	1474676	n.1019T>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.47	capreomycin	Uncertain significance
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rrl	1474709	n.1053delT	non_coding_transcript_exon_variant	0.53	capreomycin
rrl	1474709	n.1053delT	non_coding_transcript_exon_variant	0.53	linezolid
rrl	1474714	n.1058delT	non_coding_transcript_exon_variant	0.56	capreomycin
rrl	1474714	n.1058delT	non_coding_transcript_exon_variant	0.56	linezolid
rrl	1474753	n.1096A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.54	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1474753	n.1096A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.54	linezolid
rrl	1474760	n.1103A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.57	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1474760	n.1103A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.57	linezolid	Uncertain significance
rrl	1474794	n.1137C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.57	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1474794	n.1137C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.57	linezolid	Uncertain significance
rrl	1474812	n.1155G>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.64	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1474812	n.1155G>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.64	linezolid	Uncertain significance
rrl	1474830	n.1173A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.69	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1474830	n.1173A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.69	linezolid	Uncertain significance
rrl	1475395	n.1738T>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.56	capreomycin
rrl	1475395	n.1738T>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.56	linezolid
rrl	1475396	n.1739C>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.56	capreomycin
rrl	1475396	n.1739C>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.56	linezolid
rrl	1475397	n.1740G>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.56	capreomycin
rrl	1475397	n.1740G>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.56	linezolid
rrl	1475402	n.1745C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.59	capreomycin
rrl	1475402	n.1745C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.59	linezolid
rrl	1475419	n.1762C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.5	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1475419	n.1762C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.5	linezolid
rrl	1475429	n.1772G>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.55	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1475429	n.1772G>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.55	linezolid	Uncertain significance
rrl	1475452	n.1795C>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.62	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1475452	n.1795C>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.62	linezolid	Uncertain significance
rrl	1475460	n.1803A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.65	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1475460	n.1803A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.65	linezolid	Uncertain significance
rrl	1475479	n.1822C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.58	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1475479	n.1822C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.58	linezolid	Uncertain significance
rrl	1475480	n.1823A>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.58	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1475480	n.1823A>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.58	linezolid	Uncertain significance
rrl	1475505	n.1848G>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.55	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1475505	n.1848G>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.55	linezolid
rrl	1475526	n.1869C>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.52	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1475526	n.1869C>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.52	linezolid	Uncertain significance
rrl	1475531	n.1874C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.52	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1475531	n.1874C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.52	linezolid	Uncertain significance
rrl	1475544	n.1887A>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.44	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1475544	n.1887A>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.44	linezolid	Uncertain significance
rrl	1475988	n.2331A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.54	capreomycin	Not assoc w R
rrl	1475988	n.2331A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.54	linezolid	Uncertain significance
rrl	1475991	n.2334T>C	non_coding_transcript_exon_variant	0.5	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1475991	n.2334T>C	non_coding_transcript_exon_variant	0.5	linezolid
rrl	1475995	n.2338G>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.5	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1475995	n.2338G>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.5	linezolid
rrl	1476030	n.2373A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.46	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1476030	n.2373A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.46	linezolid
rrl	1476032	n.2375C>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.46	capreomycin
rrl	1476032	n.2375C>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.46	linezolid
rrl	1476034	n.2377C>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.46	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1476034	n.2377C>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.46	linezolid
rrl	1476035	n.2378G>C	non_coding_transcript_exon_variant	0.46	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1476035	n.2378G>C	non_coding_transcript_exon_variant	0.46	linezolid
rrl	1476044	n.2387T>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.55	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1476044	n.2387T>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.55	linezolid
rrl	1476045	n.2388G>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.55	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1476045	n.2388G>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.55	linezolid
rrl	1476047	n.2390G>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.55	capreomycin
rrl	1476047	n.2390G>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.55	linezolid
rrl	1476049	n.2392C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.55	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1476049	n.2392C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.55	linezolid	Uncertain significance
rrl	1476056	n.2399G>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.55	capreomycin	Not assoc w R
rrl	1476056	n.2399G>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.55	linezolid	Uncertain significance
rrl	1476214	n.2557G>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.5	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1476214	n.2557G>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.5	linezolid	Uncertain significance
rrl	1476215	n.2558C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.5	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1476215	n.2558C>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.5	linezolid	Uncertain significance
rrl	1476224	n.2567A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.53	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1476224	n.2567A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.53	linezolid	Uncertain significance
rrl	1476251	n.2594T>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.73	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1476251	n.2594T>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.73	linezolid
rrl	1476256	n.2599A>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.73	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1476256	n.2599A>T	non_coding_transcript_exon_variant	0.73	linezolid	Uncertain significance
rrl	1476260	n.2603A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.67	capreomycin	Not assoc w R
rrl	1476260	n.2603A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.67	linezolid	Uncertain significance
rrl	1476529	n.2872A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.71	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1476529	n.2872A>G	non_coding_transcript_exon_variant	0.71	linezolid
rrl	1476583	n.2926G>C	non_coding_transcript_exon_variant	0.69	capreomycin
rrl	1476583	n.2926G>C	non_coding_transcript_exon_variant	0.69	linezolid
rrl	1476597	n.2940G>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.55	capreomycin	Uncertain significance
rrl	1476597	n.2940G>A	non_coding_transcript_exon_variant	0.55	linezolid
tlyA	1917972	c.33A>G	synonymous_variant	0.38	capreomycin	Not assoc w R
clpC1	4038878	c.1827A>G	synonymous_variant	0.3	pyrazinamide	Not assoc w R - Interim
clpC1	4038881	c.1824C>G	synonymous_variant	0.3	pyrazinamide
clpC1	4038890	c.1815G>A	synonymous_variant	0.33	pyrazinamide
clpC1	4039733	c.972G>C	synonymous_variant	0.38	pyrazinamide
clpC1	4039751	c.954A>G	synonymous_variant	0.38	pyrazinamide
clpC1	4039757	c.948A>G	synonymous_variant	0.4	pyrazinamide
clpC1	4039760	c.945T>C	synonymous_variant	0.38	pyrazinamide
clpC1	4039766	c.939T>C	synonymous_variant	0.38	pyrazinamide
clpC1	4039769	c.936C>G	synonymous_variant	0.38	pyrazinamide
clpC1	4039775	c.930G>C	synonymous_variant	0.35	pyrazinamide
clpC1	4039778	c.927A>G	synonymous_variant	0.35	pyrazinamide
clpC1	4039817	c.888A>T	synonymous_variant	0.46	pyrazinamide
clpC1	4039820	c.885T>C	synonymous_variant	0.46	pyrazinamide	Not assoc w R - Interim
clpC1	4039823	c.882T>A	synonymous_variant	0.46	pyrazinamide
clpC1	4039831	c.874T>C	synonymous_variant	0.46	pyrazinamide
clpC1	4039832	c.873C>G	synonymous_variant	0.46	pyrazinamide
whiB6	4338595	c.-75delG	upstream_gene_variant	0.32	capreomycin	Not assoc w R
					amikacin	Not assoc w R
					kanamycin	Not assoc w R

Drug	Resistance	Supporting mutations	WHO confidence	Comment
rifampicin
isoniazid
ethambutol
pyrazinamide
streptomycin
fluoroquinolones
moxifloxacin
ofloxacin
levofloxacin
ciprofloxacin
aminoglycosides
amikacin
capreomycin
kanamycin
cycloserine
ethionamide
clofazimine
para-aminosalicylic_acid
delamanid
bedaquiline
linezolid

TB-Profiler result