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Run: ERR036215
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Run ID: ERR036215

Sample name:

Date: 31-03-2023 08:30:06

Number of reads: 1412364

Percentage reads mapped: 22.7

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92 streptomycin
ethA 4326396 p.Gln360* stop_gained 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 575932 p.Glu195Asp missense_variant 0.31
mshA 576168 p.Ile274Thr missense_variant 0.23
rpoB 762249 p.Leu815Val missense_variant 0.25
rpoC 762836 c.-534C>G upstream_gene_variant 0.35
rpoC 764725 p.Phe452Leu missense_variant 0.31
rpoC 767305 p.Tyr1312* stop_gained 0.25
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
atpE 1461019 c.-26C>A upstream_gene_variant 0.14
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472338 n.493A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472339 n.494C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472428 n.583G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473054 n.1209C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473343 n.1498G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1473388 n.-270G>T upstream_gene_variant 0.12
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474236 n.579G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474255 n.598C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474903 n.1246T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474928 n.1271C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475332 n.1675G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475363 n.1706C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476268 n.2611A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476275 n.2618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
inhA 1674892 p.Asn231Asp missense_variant 0.35
rpsA 1833712 p.Tyr57* stop_gained 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169866 c.747G>C synonymous_variant 0.23
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
eis 2715586 c.-254G>C upstream_gene_variant 0.67
ribD 2987307 p.Ala157Pro missense_variant 0.29
Rv2752c 3064552 p.Arg547Pro missense_variant 0.23
thyA 3073806 c.666C>G synonymous_variant 0.33
thyA 3074654 c.-183T>G upstream_gene_variant 0.29
ald 3087600 p.Gly261Arg missense_variant 1.0
fbiB 3642734 c.1200G>C synonymous_variant 0.38
fbiB 3642772 p.Asp413Ala missense_variant 0.23
alr 3840764 c.657G>C synonymous_variant 1.0
ddn 3987013 p.Gly57Ala missense_variant 0.37
clpC1 4038857 c.1848C>A synonymous_variant 0.29
clpC1 4039932 p.Gly258Val missense_variant 0.29
embC 4239842 c.-21C>A upstream_gene_variant 0.2
embC 4242425 p.Arg855Gly missense_variant 0.2
embC 4242476 p.Pro872Ala missense_variant 0.19
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242822 p.Val987Gly missense_variant 0.41
embB 4247603 p.Leu364Val missense_variant 0.25
ethA 4327672 c.-199G>A upstream_gene_variant 0.43
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0