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Run: ERR176771
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Run ID: ERR176771

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Date: 31-03-2023 15:12:35

Number of reads: 267346

Percentage reads mapped: 10.29

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Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.2.1 Euro-American (LAM) LAM11 RD174 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576492 p.Arg382Leu missense_variant 0.4
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.29
rpoB 760682 p.Asn292Lys missense_variant 0.2
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 767083 c.3714C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781503 c.-57T>G upstream_gene_variant 0.25
fbiC 1303169 p.Gly80Asp missense_variant 0.2
Rv1258c 1406760 p.Glu194Gly missense_variant 0.29
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472085 n.240C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472086 n.241T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472101 n.256G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
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rrs 1472256 n.411T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
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rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
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rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476624 n.2967T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476625 n.2968C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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