Run ID: ERR176771
Sample name:
Date: 31-03-2023 15:12:35
Number of reads: 267346
Percentage reads mapped: 10.29
Strain:
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 1.0 |
lineage4.3.4.2.1 | Euro-American (LAM) | LAM11 | RD174 | 0.98 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 6140 | p.Val301Leu | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576492 | p.Arg382Leu | missense_variant | 0.4 |
ccsA | 620748 | c.858T>G | synonymous_variant | 0.29 |
rpoB | 760682 | p.Asn292Lys | missense_variant | 0.2 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 767083 | c.3714C>T | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781503 | c.-57T>G | upstream_gene_variant | 0.25 |
fbiC | 1303169 | p.Gly80Asp | missense_variant | 0.2 |
Rv1258c | 1406760 | p.Glu194Gly | missense_variant | 0.29 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472085 | n.240C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472086 | n.241T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472089 | n.244C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472094 | n.249T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472101 | n.256G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1472102 | n.257G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1472112 | n.267C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1472122 | n.277G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472127 | n.282C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrs | 1472129 | n.284G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrs | 1472137 | n.292G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrs | 1472151 | n.306C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrs | 1472203 | n.358G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1472210 | n.365A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472213 | n.368G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrs | 1472215 | n.370A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrs | 1472222 | n.377G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472229 | n.384C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrs | 1472234 | n.389T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrs | 1472236 | n.391C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrs | 1472240 | n.395G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1472253 | n.408G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1472256 | n.411T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1472271 | n.426T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472277 | n.432C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472378 | n.533G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472379 | n.534T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472382 | n.537G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472400 | n.555C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472475 | n.630G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrs | 1472518 | n.673G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1472541 | n.696T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1472544 | n.699C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrs | 1472557 | n.712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrs | 1472570 | n.725G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrs | 1472669 | n.824_825insTAG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
rrs | 1472690 | n.845C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1472697 | n.852T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrs | 1472700 | n.855C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrs | 1472705 | n.860G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472767 | n.922G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472779 | n.934G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472827 | n.982G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473002 | n.1157G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473004 | n.1159T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473008 | n.1163C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1473009 | n.1164T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1473053 | n.1208T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrs | 1473080 | n.1235C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrs | 1473081 | n.1236C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrs | 1473094 | n.1249T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1473099 | n.1254T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1473115 | n.1270G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473179 | n.1334C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473192 | n.1347A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473226 | n.1381C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473248 | n.1403G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473249 | n.1404T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473255 | n.1410A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473260 | n.1415G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473352 | n.1507C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474197 | n.540C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474199 | n.542G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474201 | n.544T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474202 | n.545T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474228 | n.571T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474236 | n.579G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474252 | n.595T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1474253 | n.596A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1474275 | n.618T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474276 | n.619C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474277 | n.620C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474482 | n.825G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrl | 1474494 | n.837C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrl | 1474495 | n.838G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrl | 1474503 | n.846G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrl | 1474508 | n.851C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrl | 1474509 | n.852G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrl | 1474527 | n.870T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrl | 1474528 | n.871T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrl | 1474530 | n.873G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrl | 1474537 | n.880G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrl | 1474539 | n.882C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrl | 1474542 | n.885A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrl | 1474552 | n.895C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1474570 | n.913G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrl | 1474578 | n.921A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1474584 | n.927C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1474586 | n.929T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrl | 1474587 | n.930G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrl | 1474609 | n.952G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474804 | n.1147C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrl | 1474812 | n.1155G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrl | 1474830 | n.1173A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrl | 1474831 | n.1174A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1474844 | n.1187G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1474866 | n.1209C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1474896 | n.1239A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1474902 | n.1245T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrl | 1474904 | n.1247G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrl | 1474913 | n.1256T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrl | 1474920 | n.1263G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrl | 1474928 | n.1271C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475672 | n.2015C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1475673 | n.2016T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475687 | n.2030C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1475688 | n.2031G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1475696 | n.2039T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1475699 | n.2042C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1475703 | n.2046A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1475707 | n.2050T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1475713 | n.2056C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1475716 | n.2059A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrl | 1475722 | n.2065G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475777 | n.2120A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1475783 | n.2126T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1475803 | n.2146T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrl | 1475804 | n.2147G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrl | 1475816 | n.2159C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrl | 1475817 | n.2160A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrl | 1475858 | n.2201T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1475869 | n.2212C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1475871 | n.2214T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1475880 | n.2223C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476297 | n.2640C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476301 | n.2644A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476302 | n.2645G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrl | 1476338 | n.2681C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476425 | n.2768G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrl | 1476514 | n.2857C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476519 | n.2862C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476524 | n.2867C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476537 | n.2880A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476538 | n.2881A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476540 | n.2883C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476547 | n.2890C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476567 | n.2910C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476572 | n.2915G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrl | 1476573 | n.2916A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrl | 1476577 | n.2920T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrl | 1476584 | n.2927C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrl | 1476594 | n.2937C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1476603 | n.2946G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1476607 | n.2950C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrl | 1476614 | n.2957A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476619 | n.2962C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476624 | n.2967T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476625 | n.2968C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1476628 | n.2971T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1476630 | n.2973A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1476637 | n.2980C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1476638 | n.2981C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
fabG1 | 1674076 | p.Thr213Pro | missense_variant | 0.29 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168553 | p.Ile687Thr | missense_variant | 0.18 |
PPE35 | 2169317 | c.1296C>T | synonymous_variant | 0.5 |
PPE35 | 2169866 | c.747G>C | synonymous_variant | 0.25 |
kasA | 2519149 | p.His345Gln | missense_variant | 0.29 |
eis | 2714569 | p.Ala255Gly | missense_variant | 0.44 |
thyX | 3067995 | c.-50A>C | upstream_gene_variant | 0.67 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612009 | p.Ala370Thr | missense_variant | 1.0 |
fbiB | 3641754 | p.Arg74Cys | missense_variant | 0.25 |
alr | 3840719 | c.702A>G | synonymous_variant | 1.0 |
alr | 3840869 | c.552C>G | synonymous_variant | 1.0 |
ddn | 3987295 | p.Pro151His | missense_variant | 0.2 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
clpC1 | 4039484 | c.1221T>G | synonymous_variant | 0.4 |
embC | 4240572 | p.Gly237Ala | missense_variant | 0.86 |
embC | 4242425 | p.Arg855Gly | missense_variant | 0.29 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
ubiA | 4269113 | p.Asp241Tyr | missense_variant | 0.29 |
ethA | 4327827 | c.-354A>G | upstream_gene_variant | 0.29 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |