TB-Profiler result

Run: ERR4769482
Summary

Run ID: ERR4769482

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:42:07

Number of reads: 106399

Percentage reads mapped: 4.33

Strain: La1

Drug-resistance: Sensitive

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 0.21
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 764491 c.1122G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.22
rpoC 764500 c.1131C>G synonymous_variant 0.22
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764527 c.1158C>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764551 c.1182G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.25
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.5
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.4
rpoC 764701 c.1332C>G synonymous_variant 0.29
rpoC 764716 c.1347G>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764746 c.1377G>T synonymous_variant 0.29
rpoC 764752 c.1383G>C synonymous_variant 0.29
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472669 n.824_825insCAG non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474946 n.1289C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474948 n.1291C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475034 n.1377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475046 n.1389A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475049 n.1392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475057 n.1400G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475061 n.1404C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475065 n.1408G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475076 n.1419C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475081 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475091 n.1434G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475092 n.1435A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475094 n.1437C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475106 n.1449G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475109 n.1452C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475115 n.1458A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475122 n.1465C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1475167 n.1510T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475188 n.1531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475192 n.1536_1537insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475755 n.2100_2101insGGGGTA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475761 n.2106_2113delCAAGGGTG non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475782 n.2125T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476165 n.2508T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476181 n.2524A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476185 n.2528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476187 n.2530T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476214 n.2557G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476595 n.2938C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476602 n.2945G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476621 n.2964C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476728 n.3071T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2101736 p.Ala436Val missense_variant 0.25
ndh 2102106 p.Gly313Arg missense_variant 0.4
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 1.0
katG 2156465 c.-354C>T upstream_gene_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168011 p.Ser868Arg missense_variant 1.0
PPE35 2168814 c.1798dupA frameshift_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
Rv3083 3448783 p.Val94Ile missense_variant 1.0
fprA 3474427 p.Val141Ile missense_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
rpoA 3878630 c.-124delC upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038403 c.2302T>C synonymous_variant 1.0
clpC1 4039124 c.1581C>G synonymous_variant 0.33
clpC1 4039139 c.1566G>A synonymous_variant 0.33
clpC1 4039409 c.1296T>C synonymous_variant 0.4
clpC1 4039412 c.1293T>G synonymous_variant 0.5
clpC1 4039415 p.Glu430Asp missense_variant 0.5
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embA 4242970 c.-263C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244220 c.988C>T synonymous_variant 1.0
embB 4246551 p.Asn13Ser missense_variant 1.0
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
embB 4247659 c.1146C>A synonymous_variant 0.5
embB 4249640 c.3127T>C synonymous_variant 0.6
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269878 c.-45A>G upstream_gene_variant 0.5