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Run: ERR4814745
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Run ID: ERR4814745

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:28:07

Number of reads: 1919116

Percentage reads mapped: 82.36

Strain: lineage4.6.5

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.5 Euro-American T;LAM None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
tlyA 1918647 p.Asn236Lys missense_variant 1.0 capreomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490702 c.-81C>T upstream_gene_variant 0.98
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.16
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.17
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777974 c.507C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472023 n.178G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472107 n.262A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474381 n.724T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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