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Run: ERR4816690
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Run ID: ERR4816690

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:34:16

Number of reads: 933628

Percentage reads mapped: 85.09

Strain:

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5671 c.432C>T synonymous_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490751 c.-32T>G upstream_gene_variant 0.21
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 619857 c.-34C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoB 759837 c.39_44dupTAGTCC disruptive_inframe_insertion 0.82
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761051 c.1245G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761060 c.1254C>G synonymous_variant 0.13
rpoB 761559 p.Thr585Ala missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304376 p.Glu482Asp missense_variant 0.12
Rv1258c 1407404 c.-64T>G upstream_gene_variant 0.13
embR 1416996 p.Glu118* stop_gained 0.18
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rrs 1471773 n.-73G>A upstream_gene_variant 1.0
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rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
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rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 0.9
katG 2156056 p.Gly19Val missense_variant 1.0
PPE35 2167745 p.Thr956Arg missense_variant 0.15
PPE35 2167865 c.2748G>C synonymous_variant 0.12
PPE35 2167868 c.2745A>C synonymous_variant 0.11
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168460 p.Asn718Ser missense_variant 0.94
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.12
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.13
PPE35 2170159 p.Ala152Pro missense_variant 0.12
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
folC 2746572 p.Arg343Cys missense_variant 1.0
pepQ 2859641 p.Gly260Arg missense_variant 0.17
pepQ 2860144 c.266_274delAGGCCGGCG disruptive_inframe_deletion 0.15
pepQ 2860162 p.Arg86Pro missense_variant 0.17
ribD 2986832 c.-7C>T upstream_gene_variant 1.0
thyA 3074654 c.-183T>G upstream_gene_variant 0.12
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
Rv3083 3449723 p.Cys407Tyr missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474123 c.117G>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
fprA 3475180 p.Gly392Arg missense_variant 0.12
fbiB 3641715 p.Val61Leu missense_variant 0.13
rpoA 3878512 c.-6_-5insGAA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878652 c.-145C>G upstream_gene_variant 0.2
ddn 3987111 p.Leu90Val missense_variant 1.0
clpC1 4039829 p.Leu292Ile missense_variant 0.12
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4242176 p.Pro772Ser missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244220 c.988C>T synonymous_variant 1.0
embB 4245704 c.-810G>A upstream_gene_variant 1.0
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 1.0
embB 4247470 c.957T>C synonymous_variant 0.13
embB 4247472 p.Phe320Tyr missense_variant 0.13
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
ubiA 4269303 c.530delT frameshift_variant 0.18
aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0