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Run: ERR4816866
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Run ID: ERR4816866

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:40:36

Number of reads: 3453597

Percentage reads mapped: 76.09

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 759801 c.-6T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.14
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoB 763119 p.Asn1105Asp missense_variant 0.12
rpoC 763127 c.-243G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763133 c.-237G>C upstream_gene_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303554 c.624G>T synonymous_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471980 n.135G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472073 n.228T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472404 n.559G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472405 n.560C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.16
rrl 1474166 n.509G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474381 n.724T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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