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Run: ERR4820290
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Run ID: ERR4820290

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:35:50

Number of reads: 3456814

Percentage reads mapped: 89.47

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8375 c.1074G>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471922 n.78delT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1471932 n.87A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471938 n.93T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471972 n.127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472133 n.288G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472297 n.454_457delTCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472304 n.459G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472307 n.464_471delCTCGGATT non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472325 n.480G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472993 n.1148G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1473697 n.40C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473698 n.41G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473699 n.42A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473700 n.43G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473701 n.44A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473718 n.61G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473719 n.62G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473728 n.71A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473731 n.74T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473746 n.89T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473751 n.94C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473752 n.95G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473768 n.111A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474162 n.505C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474178 n.522dupC non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474181 n.524C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474288 n.631C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474289 n.632C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474507 n.850G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrl 1475120 n.1463G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
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rrl 1475201 n.1544G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475499 n.1842C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475514 n.1857G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475542 n.1885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475599 n.1942A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476029 n.2372A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476035 n.2378G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
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