TB-Profiler result

Run: ERR4831863
Summary

Run ID: ERR4831863

Sample name:

Date: 01-04-2023 21:10:35

Number of reads: 1941151

Percentage reads mapped: 88.67

Strain: lineage2.2.1.1

Drug-resistance: HR-TB

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
lineage2.2.1.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD150 RD105;RD207;RD181;RD150 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 0.97 isoniazid
pncA 2288836 p.Asp136Asn missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 759615 c.-192A>C upstream_gene_variant 0.31
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763594 c.225C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763666 c.297G>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764646 p.Gly426Ala missense_variant 0.11
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.1
rpoC 764668 c.1299C>T synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 0.98
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472023 n.178G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472107 n.262A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472673 n.828T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472674 n.829T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472793 n.948A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472851 n.1006A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472856 n.1011T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472862 n.1017T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473062 n.1217T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473201 n.1356A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474660 n.1003G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474662 n.1005C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474688 n.1031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474690 n.1033C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474777 n.1120T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475740 n.2083G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475759 n.2102C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475760 n.2103_2104insACATTT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475763 n.2106C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475766 n.2109G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475788 n.2131C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475883 n.2226A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475982 n.2325G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476077 n.2420T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476255 n.2598A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 0.99
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
eis 2714846 p.Val163Ile missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
clpC1 4039709 p.Ile332Met missense_variant 0.1
clpC1 4039724 c.981A>G synonymous_variant 0.11
clpC1 4039733 c.972G>C synonymous_variant 0.11
clpC1 4039739 c.966C>G synonymous_variant 0.11
clpC1 4039742 c.963C>T synonymous_variant 0.11
clpC1 4039751 c.954A>G synonymous_variant 0.11
clpC1 4039754 c.951G>C synonymous_variant 0.11
clpC1 4039757 c.948A>G synonymous_variant 0.11
clpC1 4039766 c.939T>C synonymous_variant 0.13
clpC1 4039773 p.Lys311Met missense_variant 0.14
clpC1 4039778 c.927A>G synonymous_variant 0.13
clpC1 4039781 c.924G>C synonymous_variant 0.13
clpC1 4039817 c.888A>C synonymous_variant 0.14
clpC1 4039820 c.885T>G synonymous_variant 0.12
clpC1 4039823 c.882T>C synonymous_variant 0.12
clpC1 4039829 c.874_876delTTGinsCTC synonymous_variant 0.12
clpC1 4039832 c.873C>G synonymous_variant 0.11
clpC1 4039850 c.855T>C synonymous_variant 0.11
clpC1 4039858 p.Ile283Val missense_variant 0.11
clpC1 4039865 c.840T>C synonymous_variant 0.12
clpC1 4040033 c.672G>C synonymous_variant 0.11
clpC1 4040063 c.642G>C synonymous_variant 0.1
clpC1 4040066 c.639G>C synonymous_variant 0.1
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embB 4248115 c.1602C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
ethA 4327244 p.Asp77Gly missense_variant 0.95
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0