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Run: ERR9786558
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Run ID: ERR9786558

Sample name:

Date: 02-04-2023 12:31:51

Number of reads: 1406250

Percentage reads mapped: 87.07

Strain: lineage4.3.4.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6817 c.-485G>A upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472701 n.856T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472708 n.863T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472954 n.1109T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473124 n.1279A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476624 n.2967T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
eis 2714432 p.Val301Ile missense_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embC 4239763 c.-100C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4240382 p.Gly174Arg missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0
fbiC 1305494 c.2565_*56delCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0