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Run: SRR10869086
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Run ID: SRR10869086

Sample name:

Date: 02-04-2023 19:38:39

Number of reads: 480656

Percentage reads mapped: 39.37

Strain: lineage2.2.2

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD105/RD207 RD105;RD207 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7572 p.Ser91Pro missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761110 p.Asp435Val missense_variant 0.96 rifampicin
rrs 1472359 n.514A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0 streptomycin
rrs 1473246 n.1401A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673423 c.-17G>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288724 c.517dupG frameshift_variant 1.0 pyrazinamide, pyrazinamide
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4326333 p.Ala381Pro missense_variant 1.0 ethionamide
gid 4407967 p.Leu79Ser missense_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620578 c.689delA frameshift_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766936 c.3567G>A synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472575 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472859 n.1014_1015insA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472867 n.1022T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472970 n.1125C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472971 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472973 n.1129_1130delAT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167901 c.2712T>C synonymous_variant 0.11
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2221939 p.Arg409Gln missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518179 p.Thr22Met missense_variant 0.12
Rv2752c 3065417 p.Val259Met missense_variant 0.12
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
alr 3840259 p.Tyr388Asp missense_variant 0.92
embC 4242609 p.Glu916Val missense_variant 0.14
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embB 4246680 p.Leu56Arg missense_variant 0.22
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0