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Run: SRR11972420
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Run ID: SRR11972420

Sample name:

Date: 03-04-2023 05:41:38

Number of reads: 934308

Percentage reads mapped: 55.85

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761110 p.Asp435Val missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288749 p.Ala165Thr missense_variant 0.15 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpL5 778004 p.Glu159Asp missense_variant 0.13
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
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rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
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rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473083 n.1238G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473115 n.1270G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473128 n.1283C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrs 1473281 n.1436C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
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rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
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rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474761 n.1107dupG non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
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rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
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rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
inhA 1673814 c.-388C>A upstream_gene_variant 0.15
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tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
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ndh 2102294 p.Thr250Ile missense_variant 0.13
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
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ethA 4328133 c.-660C>T upstream_gene_variant 0.13
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