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Run: SRR6982510
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Run ID: SRR6982510

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:39:34

Number of reads: 108957

Percentage reads mapped: 12.06

Strain: lineage4;lineage2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 0.06
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.79
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.67
rpoB 760230 p.Lys142Glu missense_variant 0.29
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766500 p.Ala1044Val missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpL5 778058 p.Ser141Arg missense_variant 0.5
mmpL5 778567 c.-87C>A upstream_gene_variant 0.2
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
embR 1417473 c.-126G>T upstream_gene_variant 0.5
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1471914 n.69A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472669 n.824_825insTGG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472845 n.1000G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472851 n.1006A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472856 n.1011T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472859 n.1014G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473001 n.1156G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473002 n.1157G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473009 n.1164T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473851 n.194G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473862 n.205C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1473867 n.210C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1473871 n.214T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1473888 n.231T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1473899 n.242A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrl 1474558 n.901G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474816 n.1159G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
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rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474928 n.1271C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1475081 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475084 n.1427G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475092 n.1435A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475094 n.1437C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1475115 n.1458A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475120 n.1463G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475144 n.1487G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
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rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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