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Run: SRR7131161
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Run ID: SRR7131161

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:47:18

Number of reads: 1139067

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 762019 p.Glu738Ala missense_variant 1.0
rpoB 762132 p.Ala776Ser missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472430 n.585C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474918 n.1261T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
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rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
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gid 4407596 p.Val203Leu missense_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-6_*1408del transcript_ablation 1.0