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Run: DRR184903
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Run ID: DRR184903

Sample name:

Date: 31-03-2023 07:20:20

Number of reads: 1380349

Percentage reads mapped: 83.36

Strain: lineage2.2.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD105/RD207 RD105;RD207 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6370 c.-932C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302873 c.-58A>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406963 c.378G>A synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473062 n.1217T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474662 n.1005C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474688 n.1031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474690 n.1033C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474777 n.1120T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475740 n.2083G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475769 n.2113_2114insGCG non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475788 n.2131C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475883 n.2226A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475982 n.2325G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476255 n.2598A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476529 n.2872A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476530 n.2873C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476573 n.2916A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170654 c.-42A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289469 c.-228C>G upstream_gene_variant 1.0
folC 2747435 p.Asp55Gly missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3475220 p.Gln405Pro missense_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
clpC1 4039284 p.Asp474Gly missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0