Run ID: ERR1035297
Sample name:
Date: 31-03-2023 10:09:58
Number of reads: 7958583
Percentage reads mapped: 99.71
Strain: lineage4.3.4.1
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 0.99 |
lineage4.3.4.1 | Euro-American (LAM) | LAM1;LAM2 | RD174 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761139 | p.His445Asp | missense_variant | 0.99 | rifampicin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 0.99 | isoniazid |
folC | 2747481 | p.Glu40Gln | missense_variant | 1.0 | para-aminosalicylic_acid |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471969 | n.124T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
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rrl | 1476770 | n.3113T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476771 | n.3114G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 0.99 |
ndh | 2101881 | p.Ser388Gly | missense_variant | 0.99 |
PPE35 | 2169320 | p.Leu431Phe | missense_variant | 0.16 |
Rv1979c | 2222854 | p.Ile104Thr | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ahpC | 2726037 | c.-156G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
ribD | 2987307 | p.Ala157Pro | missense_variant | 0.11 |
thyA | 3073806 | c.666C>G | synonymous_variant | 0.26 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 0.99 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612009 | p.Ala370Thr | missense_variant | 0.99 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038857 | c.1848C>A | synonymous_variant | 0.19 |
clpC1 | 4039991 | c.714G>A | synonymous_variant | 0.99 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 0.99 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407724 | p.Leu160Pro | missense_variant | 0.99 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |