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Run: ERR10796552
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Run ID: ERR10796552

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:11:18

Number of reads: 3892623

Percentage reads mapped: 100.0

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8715 p.Pro472Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9735 c.2434C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 759608 c.-199C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474560 n.903A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474587 n.930G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475924 n.2267A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475942 n.2285C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476255 n.2598A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476359 n.2702C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476363 n.2706A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476368 n.2711T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476381 n.2724G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476428 n.2771C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476470 n.2813C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476513 n.2856G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476516 n.2859G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476518 n.2861G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476529 n.2872A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476544 n.2887T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476566 n.2909A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726323 p.Pro44Arg missense_variant 1.0
pepQ 2859830 p.Gly197Arg missense_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087518 c.699C>T synonymous_variant 1.0
Rv3083 3448598 p.Ile32Thr missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
Rv3236c 3612768 p.Ala117Pro missense_variant 1.0
alr 3841006 p.Asp139His missense_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0