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Run: ERR245810
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Run ID: ERR245810

Sample name:

Date: 31-03-2023 18:22:31

Number of reads: 4517914

Percentage reads mapped: 41.37

Strain: lineage4.9.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
lineage4.9.1 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7493 c.192C>T synonymous_variant 0.23
gyrA 8978 c.1677C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 759831 p.Thr9Pro missense_variant 0.25
rpoB 762249 p.Leu815Val missense_variant 0.16
rpoC 762836 c.-534C>G upstream_gene_variant 0.34
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777399 p.Thr361Arg missense_variant 0.26
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417501 c.-154A>C upstream_gene_variant 0.23
atpE 1461019 c.-26C>A upstream_gene_variant 0.19
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472333 n.490dupA non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472338 n.493A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473194 n.1349A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473343 n.1498G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473384 n.-274A>T upstream_gene_variant 0.14
rrl 1473862 n.205C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473870 n.213G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473871 n.214T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473887 n.230T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473899 n.242A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473905 n.248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473926 n.269G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474380 n.723G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476359 n.2702C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrl 1476470 n.2813C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476605 n.2948C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476624 n.2967T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476637 n.2980C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
fabG1 1673449 p.Thr4Pro missense_variant 0.33
inhA 1674892 p.Asn231Asp missense_variant 0.19
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102891 p.Phe51Ser missense_variant 0.24
PPE35 2169866 c.747G>C synonymous_variant 0.48
Rv1979c 2223145 p.Arg7Lys missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289138 p.Leu35Arg missense_variant 0.98
pncA 2289448 c.-207G>A upstream_gene_variant 0.99
eis 2714366 p.Val323Leu missense_variant 0.38
eis 2715586 c.-254G>C upstream_gene_variant 0.33
Rv2752c 3064552 p.Arg547Pro missense_variant 0.27
Rv2752c 3064741 p.Gly484Ala missense_variant 0.26
Rv2752c 3067191 c.-1000G>A upstream_gene_variant 0.97
fbiD 3339385 p.Asp90Asn missense_variant 1.0
fbiD 3339550 p.Gly145Trp missense_variant 0.19
Rv3083 3449058 p.Ser185Arg missense_variant 0.26
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fbiB 3642734 c.1200G>C synonymous_variant 0.35
clpC1 4038857 c.1848C>A synonymous_variant 0.17
clpC1 4039363 p.Ala448Pro missense_variant 0.2
clpC1 4039932 p.Gly258Val missense_variant 0.33
embC 4241056 c.1194C>G synonymous_variant 0.24
embC 4242476 p.Pro872Ala missense_variant 0.17
embC 4242822 p.Val987Gly missense_variant 0.26
embA 4243977 p.Ala249Pro missense_variant 0.33
ubiA 4269529 p.Ala102Gly missense_variant 0.27
ethA 4327672 c.-199G>A upstream_gene_variant 0.33
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0