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Run: ERR4800197
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Run ID: ERR4800197

Sample name:

Date: 01-04-2023 09:39:23

Number of reads: 156579

Percentage reads mapped: 85.46

Strain:

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 0.5 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 0.75 isoniazid
pncA 2289162 p.Leu27Pro missense_variant 0.6 pyrazinamide
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 0.5 ethambutol
ethA 4326696 c.776_777dupGC frameshift_variant 0.5 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5118 c.-122G>A upstream_gene_variant 0.29
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491310 c.528C>G synonymous_variant 0.67
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760624 p.Arg273His missense_variant 0.25
rpoB 761261 c.1455G>T synonymous_variant 0.5
rpoB 761264 c.1458C>G synonymous_variant 0.5
rpoB 761288 c.1482G>C synonymous_variant 0.67
rpoB 761489 c.1683G>A synonymous_variant 0.5
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776395 p.Phe696Leu missense_variant 0.75
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305288 c.2358C>A synonymous_variant 0.33
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 0.33
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 0.86
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473134 n.1289T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474381 n.724T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475460 n.1803A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475475 n.1818C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475479 n.1822C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475480 n.1823A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475483 n.1826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475515 n.1858G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475573 n.1916G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475692 n.2035G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
inhA 1674666 p.Met155Ile missense_variant 0.22
rpsA 1833467 c.-75G>A upstream_gene_variant 0.4
rpsA 1833568 c.27G>T synonymous_variant 0.67
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 0.5
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2154963 c.1149G>A synonymous_variant 0.4
katG 2156383 c.-272A>T upstream_gene_variant 0.4
katG 2156476 c.-365G>C upstream_gene_variant 0.29
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 0.33
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 0.71
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
eis 2714851 p.Ser161Asn missense_variant 0.29
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 0.33
folC 2747659 c.-61A>G upstream_gene_variant 0.4
Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 0.86
thyX 3068006 c.-61A>C upstream_gene_variant 0.5
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448433 c.-71C>A upstream_gene_variant 0.29
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 0.4
rpoA 3878039 p.Ala157Pro missense_variant 0.33
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 0.75
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 0.83
embC 4241223 p.Gly454Val missense_variant 0.25
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 0.33
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 0.75
embA 4243848 p.Val206Met missense_variant 0.67
embB 4248653 p.Met714Val missense_variant 0.5
aftB 4267823 c.1014G>A synonymous_variant 0.29
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 0.56
ethA 4326676 p.Ser266Arg missense_variant 0.5
ethR 4327132 c.-417G>A upstream_gene_variant 0.67
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 0.67