Run ID: ERR7801178
Sample name:
Date: 02-04-2023 05:58:11
Number of reads: 4585260
Percentage reads mapped: 69.46
Strain: lineage4.3.4.2.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 0.99 |
lineage4.3.4.2 | Euro-American (LAM) | LAM1;LAM4;LAM11 | RD174 | 1.0 |
lineage4.3.4.2.1 | Euro-American (LAM) | LAM11 | RD174 | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 6140 | p.Val301Leu | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471850 | n.5G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1471852 | n.7T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1471878 | n.33C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1471896 | n.51T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1471900 | n.55C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472112 | n.267C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472122 | n.277G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472127 | n.282C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472129 | n.284G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472137 | n.292G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472151 | n.306C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472164 | n.319G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472177 | n.332C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472203 | n.358G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472210 | n.365A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472213 | n.368G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1472215 | n.370A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrs | 1472234 | n.389T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrs | 1472236 | n.391C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1472240 | n.395G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472344 | n.499C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472378 | n.533G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472379 | n.534T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472389 | n.544G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472400 | n.555C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472541 | n.696T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472557 | n.712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472570 | n.725G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472573 | n.728C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472596 | n.751G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472598 | n.753A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472614 | n.769G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472647 | n.802C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472767 | n.922G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472880 | n.1035_1036insA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473008 | n.1164delT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473191 | n.1346C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473206 | n.1361G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1473226 | n.1381C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1473352 | n.1507C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1474824 | n.1167A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1474830 | n.1173A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474831 | n.1174A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474839 | n.1182C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474844 | n.1187G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrl | 1474866 | n.1209C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrl | 1474869 | n.1212G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrl | 1474892 | n.1235G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474896 | n.1239A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1474902 | n.1245T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1474903 | n.1246T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1474904 | n.1247G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1474913 | n.1256T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474920 | n.1263G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475083 | n.1426C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1475114 | n.1457C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475713 | n.2056C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1475716 | n.2059A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1475751 | n.2094C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475762 | n.2105G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475803 | n.2146T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1475804 | n.2147G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1475816 | n.2159C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1475817 | n.2160A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrl | 1475858 | n.2201T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrl | 1475866 | n.2209T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476153 | n.2496T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476225 | n.2568T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476229 | n.2572C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476268 | n.2611A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1476275 | n.2618T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrl | 1476279 | n.2622G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrl | 1476293 | n.2636C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476297 | n.2640C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476301 | n.2644A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476313 | n.2656G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 |
rrl | 1476425 | n.2768G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1476514 | n.2857C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476517 | n.2860C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476519 | n.2862C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476537 | n.2880A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476538 | n.2881A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476540 | n.2883C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476547 | n.2890C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476567 | n.2910C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1476572 | n.2915G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476573 | n.2916A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612009 | p.Ala370Thr | missense_variant | 1.0 |
alr | 3840719 | c.702A>G | synonymous_variant | 1.0 |
rpoA | 3878569 | c.-63delG | upstream_gene_variant | 0.2 |
rpoA | 3878577 | c.-70C>A | upstream_gene_variant | 0.3 |
rpoA | 3878590 | c.-83G>A | upstream_gene_variant | 0.33 |
rpoA | 3878592 | c.-85C>A | upstream_gene_variant | 0.5 |
rpoA | 3878637 | c.-130G>A | upstream_gene_variant | 0.33 |
rpoA | 3878644 | c.-137G>T | upstream_gene_variant | 0.2 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
panD | 4043938 | p.Ile115Thr | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 0.99 |
embB | 4246555 | c.42G>C | synonymous_variant | 0.13 |
embB | 4246556 | p.Ala15Pro | missense_variant | 0.13 |
aftB | 4267883 | c.954C>T | synonymous_variant | 0.2 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 0.98 |