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Run: SRR1172808
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Run ID: SRR1172808

Sample name:

Date: 03-04-2023 03:10:45

Number of reads: 23008

Percentage reads mapped: 0.35

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472262 n.417C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473054 n.1209C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473083 n.1238G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473110 n.1265T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474903 n.1246T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474928 n.1271C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475782 n.2125T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476268 n.2611A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476275 n.2618T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88