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Run: SRR1173766
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Run ID: SRR1173766

Sample name:

Date: 03-04-2023 03:31:10

Number of reads: 40041

Percentage reads mapped: 1.29

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472135 n.290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472252 n.407G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472553 n.708C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472572 n.727T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472574 n.729T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472583 n.738T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472584 n.739A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472594 n.749G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
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rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
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rrs 1472714 n.869A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472954 n.1110delC non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472958 n.1113_1114insC non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472986 n.1141_1142insA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472989 n.1145delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473139 n.1294T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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