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Run: SRR124452
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Run ID: SRR124452

Sample name:

Date: 03-04-2023 06:49:24

Number of reads: 424882

Percentage reads mapped: 19.02

Strain: lineage2

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
tlyA 1918660 c.724_725delTG frameshift_variant 0.29 capreomycin
kasA 2518310 p.Asp66Asn missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5286 p.Ser16Phe missense_variant 0.5
gyrA 6460 c.-842G>A upstream_gene_variant 0.14
gyrA 6574 c.-728C>T upstream_gene_variant 0.12
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8457 p.Glu386* stop_gained 0.18
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491202 c.420G>T synonymous_variant 0.25
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763890 p.Ala174Glu missense_variant 0.5
rpoC 765637 c.2268C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 767234 p.Glu1289Gln missense_variant 0.33
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777979 p.Ala168Ser missense_variant 0.15
mmpL5 778525 c.-45C>A upstream_gene_variant 0.2
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800921 p.Arg38His missense_variant 0.33
embR 1417336 c.12C>T synonymous_variant 0.2
atpE 1461230 c.186G>A synonymous_variant 0.2
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1471914 n.69A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
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rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476621 n.2964C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
rpsA 1834879 c.1338C>T synonymous_variant 0.29
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918635 c.696C>T synonymous_variant 0.5
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167859 c.2754T>G synonymous_variant 0.5
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