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Run: SRR5341417
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Run ID: SRR5341417

Sample name:

Date: 04-04-2023 10:20:17

Number of reads: 371970

Percentage reads mapped: 9.48

Strain: lineage3

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 0.8 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761100 p.Gln432Glu missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94 streptomycin
pncA 2289252 c.-11A>G upstream_gene_variant 1.0 pyrazinamide
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
katG 2147902 c.-5536_*5986del transcript_ablation 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6265 p.Asp342Glu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 760929 p.Val375Leu missense_variant 0.89
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1407521 c.-181C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472262 n.417C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472269 n.424G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472277 n.432C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472543 n.699_700delCA non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473054 n.1209C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473083 n.1238G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474903 n.1246T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475782 n.2125T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476234 n.2577G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476268 n.2611A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476275 n.2618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726116 c.-77T>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4408281 c.-79C>T upstream_gene_variant 1.0