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Run: SRR6855967
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Run ID: SRR6855967

Sample name:

Date: 04-04-2023 17:51:35

Number of reads: 839927

Percentage reads mapped: 80.66

Strain: lineage4.1.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417140 p.Ala70Ser missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473111 n.1266A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
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rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
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rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
fabG1 1673249 c.-191C>T upstream_gene_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
folC 2747022 p.Val193Ile missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448894 p.Tyr131Asp missense_variant 1.0
Rv3083 3449458 p.Asp319Asn missense_variant 1.0
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fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3641164 p.Ile208Val missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
aftB 4268861 c.-25T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0