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Run: SRR6982043
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Run ID: SRR6982043

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:25:35

Number of reads: 298126

Percentage reads mapped: 56.35

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8211 p.Asp304Asn missense_variant 0.12
gyrA 8501 c.1200G>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9138 p.Gln613Glu missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490756 c.-27T>G upstream_gene_variant 0.22
mshA 575811 p.Tyr155Phe missense_variant 0.15
mshA 576527 p.Glu394Lys missense_variant 0.25
ccsA 619750 c.-141C>T upstream_gene_variant 0.13
ccsA 619755 c.-136T>C upstream_gene_variant 0.15
ccsA 620261 p.Ala124Asp missense_variant 0.17
ccsA 620319 c.429C>G synonymous_variant 0.14
rpoB 759902 c.96G>A synonymous_variant 0.12
rpoB 761182 p.Arg459Leu missense_variant 0.14
rpoC 764128 c.759C>A synonymous_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777416 c.1065G>T synonymous_variant 1.0
mmpR5 778040 c.-950G>T upstream_gene_variant 0.12
mmpL5 778084 p.Pro133Ser missense_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303876 p.Ala316Thr missense_variant 0.15
Rv1258c 1406406 p.Pro312Arg missense_variant 0.12
Rv1258c 1407301 p.Phe14Leu missense_variant 0.18
Rv1258c 1407450 c.-111delC upstream_gene_variant 0.22
embR 1416925 c.423A>G synonymous_variant 0.12
atpE 1461001 c.-44G>C upstream_gene_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
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rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
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rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472846 n.1001C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472859 n.1014_1015insA non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
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rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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