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Run: SRR8600288
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Run ID: SRR8600288

Sample name:

Date: 04-04-2023 21:41:31

Number of reads: 976912

Percentage reads mapped: 74.82

Strain: La1.8.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.8 M.bovis None None 1.0
La1.8.1 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrB 6374 p.Glu379Gln missense_variant 0.12
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7093 c.-209T>C upstream_gene_variant 0.13
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 8741 c.1440C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9217 p.Asp639Ala missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620713 p.Tyr275His missense_variant 1.0
rpoB 760999 p.Met398Thr missense_variant 0.14
rpoB 761305 p.Val500Ala missense_variant 0.11
rpoB 762451 p.Arg882Leu missense_variant 0.13
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764575 c.1206T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 766928 p.Glu1187* stop_gained 0.17
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775981 p.Leu834Met missense_variant 0.13
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777320 c.1161C>T synonymous_variant 0.17
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472310 n.465T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472338 n.493A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472349 n.504A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472382 n.537G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472522 n.677T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472571 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472582 n.737G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472585 n.740A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472954 n.1110delC non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472958 n.1113_1114insC non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472986 n.1141_1142insA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472989 n.1145delA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473094 n.1249T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473122 n.1277T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473226 n.1381C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474173 n.519delA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474201 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474218 n.561T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474248 n.591A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474255 n.598C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474265 n.608G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474269 n.612C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474287 n.631_649delCCTTTTCCTCTCCGGAGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474488 n.831G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474516 n.859C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474582 n.925T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474799 n.1143delT non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474806 n.1149A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474853 n.1196A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475750 n.2093A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475991 n.2334T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475996 n.2339T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476085 n.2428G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476091 n.2434_2435insC non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476100 n.2443A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476103 n.2446C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476110 n.2453G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476139 n.2482T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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