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Run: ERR1063890
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Run ID: ERR1063890

Sample name:

Date: 31-03-2023 10:32:32

Number of reads: 1990303

Percentage reads mapped: 59.73

Strain: lineage3.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.1 East-African-Indian CAS1-Kili RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472085 n.240C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472086 n.241T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475046 n.1389A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475049 n.1392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475057 n.1400G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
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rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170461 p.Gly51Glu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4241562 p.Arg567His missense_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0