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Run: ERR212042
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Run ID: ERR212042

Sample name:

Date: 31-03-2023 15:45:20

Number of reads: 956302

Percentage reads mapped: 35.7

Strain: lineage3.1.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.99
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.1 East-African-Indian CAS1-Kili RD750 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473115 n.1270G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
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rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
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rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2154953 p.Asp387Tyr missense_variant 0.15
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170436 c.177T>G synonymous_variant 0.18
PPE35 2170461 p.Gly51Glu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2859904 p.Val172Gly missense_variant 0.27
ribD 2987307 p.Ala157Pro missense_variant 0.33
thyA 3073806 c.666C>G synonymous_variant 0.25
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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clpC1 4039546 p.Asp387Asn missense_variant 0.18
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gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0