Run ID: ERR2653138
Sample name:
Date: 31-03-2023 22:34:39
Number of reads: 5454372
Percentage reads mapped: 34.69
Strain: lineage4.1.2.1
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 0.99 |
lineage4.1.2 | Euro-American | T;H | None | 0.99 |
lineage4.1.2.1 | Euro-American (Haarlem) | T1;H1 | RD182 | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 0.99 | rifampicin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
pncA | 2288988 | p.Leu85Pro | missense_variant | 0.95 | pyrazinamide |
embB | 4247431 | p.Met306Ile | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
gid | 4407929 | p.Glu92* | stop_gained | 0.85 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491591 | p.Lys270Met | missense_variant | 0.95 |
mshA | 575679 | p.Asn111Ser | missense_variant | 0.99 |
rpoB | 760115 | c.309C>T | synonymous_variant | 0.97 |
rpoC | 764846 | c.1479_1481dupGCA | disruptive_inframe_insertion | 0.82 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 0.99 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 0.99 |
Rv1258c | 1407489 | c.-149G>A | upstream_gene_variant | 0.98 |
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