Run ID: ERR405222
Sample name:
Date: 01-04-2023 04:30:06
Number of reads: 514450
Percentage reads mapped: 9.43
Strain: lineage4;lineage3.1
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage3 | East-African-Indian | CAS | RD750 | 0.93 |
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 0.07 |
lineage3.1 | East-African-Indian | Non-CAS1-Delhi | RD750 | 0.86 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 490751 | c.-32T>G | upstream_gene_variant | 0.22 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 0.94 |
rpoB | 759746 | c.-61C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 762434 | c.-936T>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 0.86 |
rpoC | 765181 | c.1812G>T | synonymous_variant | 0.2 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1303016 | p.Val29Gly | missense_variant | 0.36 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472164 | n.319G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrs | 1472177 | n.332C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472214 | n.369C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472235 | n.390G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrs | 1472240 | n.395G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472242 | n.397C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472251 | n.406G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472253 | n.408G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472256 | n.411T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472262 | n.417C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472269 | n.424G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472328 | n.483G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472333 | n.488G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1472344 | n.499C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472349 | n.504A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472350 | n.505C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472373 | n.528G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1472374 | n.529T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1472382 | n.537G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1472389 | n.544G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1472390 | n.545T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 |
rrs | 1472391 | n.546C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 |
rrs | 1472412 | n.567A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrs | 1472415 | n.570T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472694 | n.849C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1472714 | n.869A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472715 | n.870C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472716 | n.871C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1472754 | n.909G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472827 | n.982G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472887 | n.1042G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrs | 1472936 | n.1091C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472958 | n.1113A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472959 | n.1114T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1472963 | n.1118G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrs | 1472982 | n.1137G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472987 | n.1142G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472988 | n.1143T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1473002 | n.1157G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1473004 | n.1159T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1473008 | n.1163C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrs | 1473009 | n.1164T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1473044 | n.1199C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1473051 | n.1206T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1473053 | n.1208T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrs | 1473080 | n.1235C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1473097 | n.1252G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrs | 1473099 | n.1254T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1473139 | n.1294T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473147 | n.1302G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1473148 | n.1303G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1473163 | n.1318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1473164 | n.1319C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1473192 | n.1347A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473193 | n.1348G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473198 | n.1354delC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrs | 1473202 | n.1357C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrs | 1473204 | n.1359C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1473248 | n.1403G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473249 | n.1404T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475490 | n.1833C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1475499 | n.1842C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475517 | n.1860C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrl | 1475518 | n.1861A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1475526 | n.1869C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1475538 | n.1881T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrl | 1475539 | n.1882A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrl | 1475540 | n.1883C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1475545 | n.1888T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1475550 | n.1893A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1475551 | n.1894T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrl | 1475555 | n.1898T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrl | 1475564 | n.1907C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1475574 | n.1917C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrl | 1475576 | n.1919C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrl | 1475791 | n.2134A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrl | 1475803 | n.2146T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrl | 1475804 | n.2147G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475816 | n.2159C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1475817 | n.2160A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1476313 | n.2656G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1476336 | n.2679C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrl | 1476356 | n.2699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrl | 1476357 | n.2700T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrl | 1476383 | n.2726T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrl | 1476384 | n.2727G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrl | 1476411 | n.2754G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrl | 1476425 | n.2768G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrl | 1476442 | n.2785T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrl | 1476443 | n.2786G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrl | 1476455 | n.2798C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrl | 1476456 | n.2799A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
rrl | 1476463 | n.2806C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrl | 1476512 | n.2855C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrl | 1476517 | n.2860C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
inhA | 1674952 | p.Pro251Ala | missense_variant | 0.44 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 0.92 |
katG | 2155334 | p.Val260Ile | missense_variant | 0.89 |
katG | 2155660 | p.Val151Gly | missense_variant | 0.33 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 0.93 |
PPE35 | 2170082 | c.531T>G | synonymous_variant | 0.29 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pncA | 2289047 | c.195C>T | synonymous_variant | 1.0 |
pncA | 2289365 | c.-125delC | upstream_gene_variant | 0.92 |
kasA | 2519072 | p.Ala320Pro | missense_variant | 0.25 |
ahpC | 2726105 | c.-88G>A | upstream_gene_variant | 0.92 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoA | 3878597 | c.-90G>C | upstream_gene_variant | 0.67 |
rpoA | 3878601 | c.-94C>G | upstream_gene_variant | 0.5 |
rpoA | 3878641 | c.-134C>G | upstream_gene_variant | 0.5 |
embC | 4239973 | c.111T>G | synonymous_variant | 0.5 |
embC | 4241436 | p.Ala525Asp | missense_variant | 0.22 |
embC | 4241562 | p.Arg567His | missense_variant | 1.0 |
embC | 4242075 | p.Arg738Gln | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
ethA | 4328467 | c.-994G>C | upstream_gene_variant | 0.22 |
whiB6 | 4338592 | c.-71G>C | upstream_gene_variant | 0.9 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338706 | c.-185C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 0.2 |