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Run: ERR405222
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Run ID: ERR405222

Sample name:

Date: 01-04-2023 04:30:06

Number of reads: 514450

Percentage reads mapped: 9.43

Strain: lineage4;lineage3.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.93
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.07
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 0.86
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490751 c.-32T>G upstream_gene_variant 0.22
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.94
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.86
rpoC 765181 c.1812G>T synonymous_variant 0.2
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.36
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472262 n.417C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472269 n.424G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472349 n.504A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472350 n.505C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472373 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472374 n.529T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472694 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472716 n.871C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472827 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473097 n.1252G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1475517 n.1860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1475555 n.1898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
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rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
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tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
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katG 2155660 p.Val151Gly missense_variant 0.33
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PPE35 2170082 c.531T>G synonymous_variant 0.29
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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kasA 2519072 p.Ala320Pro missense_variant 0.25
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ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 0.2