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Run: ERR473279
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Run ID: ERR473279

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:35:55

Number of reads: 14881

Percentage reads mapped: 0.46

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 1.0
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764641 c.1272C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764644 c.1275G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764663 p.Val432Thr missense_variant 1.0
rpoC 764668 c.1299C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764672 p.Gln435Glu missense_variant 1.0
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764683 c.1314G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764701 c.1332C>G synonymous_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472135 n.290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472264 n.419T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472266 n.421C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472288 n.443A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472326 n.481T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472338 n.493A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472349 n.504A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472374 n.529T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472382 n.537G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472415 n.570T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472526 n.681G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472544 n.699C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472545 n.700A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472599 n.754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472694 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472712 n.867G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472812 n.967A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473000 n.1155G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473010 n.1165C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473081 n.1236C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473162 n.1317C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474822 n.1166delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474825 n.1168_1169insGA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474828 n.1171G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1176delG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474875 n.1218G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474876 n.1219T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475510 n.1853A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475516 n.1859T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475518 n.1861A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475540 n.1883C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475551 n.1894T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475553 n.1896G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475555 n.1898T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475575 n.1918C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475577 n.1920C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475589 n.1932G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475685 n.2028T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475688 n.2031G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475707 n.2050T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475716 n.2059A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475882 n.2225C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476238 n.2581T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476246 n.2589G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476266 n.2609G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476279 n.2622G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476281 n.2624T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476336 n.2679C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476356 n.2699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476357 n.2700T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476470 n.2813C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476474 n.2817C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476572 n.2915G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476573 n.2916A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476621 n.2964C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476624 n.2967T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476625 n.2968C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476637 n.2980C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0